Semantically-Informed Domain Adaptation for Named Entity Recognition.

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Arnaud Ferré Philippe Langlais An analysis of entity normalization evaluation biases in specialized domains. 227 2023 December 24 BMC Bioinform. 1 https://doi.org/10.1186/s12859-023-05350-9 db/journals/bmcbi/bmcbi24.html#FerreL23

Mariya Borovikova Arnaud Ferré Robert Bossy Mathieu Roche Claire Nédellec Could KeyWord Masking Strategy Improve Language Model? 271-284 2023 NLDB https://doi.org/10.1007/978-3-031-35320-8_19 conf/nldb/2023 db/conf/nldb/nldb2023.html#BorovikovaFBRN23

Arnaud Ferré Louise Deléger Robert Bossy Pierre Zweigenbaum Claire Nédellec C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization. 579 2020 21-S BMC Bioinform. 23 https://doi.org/10.1186/s12859-020-03886-8 db/journals/bmcbi/bmcbi21S.html#FerreDBZN20

Arnaud Ferré Robert Bossy Mouhamadou Ba Louise Deléger Thomas Lavergne Pierre Zweigenbaum Claire Nédellec Handling Entity Normalization with no Annotated Corpus: Weakly Supervised Methods Based on Distributional Representation and Ontological Information. 1959-1966 2020 LREC https://aclanthology.org/2020.lrec-1.241/ conf/lrec/2020 db/conf/lrec/lrec2020.html#FerreBBDLZN20 Arnaud Ferré Représentations vectorielles et apprentissage automatique pour l'alignement d'entités textuelles et de concepts d'ontologie: application à la biologie. (Vector Representations and Machine Learning for Alignment of Text Entities with Ontology Concepts: Application to Biology). 2019 University of Paris-Saclay, France https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02166253

Nika Abdollahi Alexandre Albani Éric Anthony Agnes Baud Mélissa Cardon Robert Clerc Dariusz Czernecki Romain Conte Laurent David Agathe Delaune Samia Djerroud Pauline Fourgoux Nadège Guiglielmoni Jeanne Laurentie Nathalie Lehmann Camille Lochard Rémi Montagne Vasiliki Myrodia Vaitea Opuu Elise Parey Lélia Polit Sylvain Privé Chloé Quignot Maria Ruiz-Cuevas Mariam Sissoko Nicolas Sompairac Audrey Vallerix Violaine Verrecchia Marc Delarue Raphaël Guérois Yann Ponty Sophie Sacquin-Mora Alessandra Carbone Christine Froidevaux Stéphane Le Crom Olivier Lespinet Martin Weigt Samer Abboud Juliana S. Bernardes Guillaume Bouvier Chloé Dequeker Arnaud Ferré Patrick Fuchs Gaëlle Lelandais Pierre Poulain Hugues Richard Hugo Schweke Elodie Laine Anne Lopes Meet-U: Educating through research immersion. 2018 14 PLoS Comput. Biol. 3 https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005992 https://www.wikidata.org/entity/Q52654026 db/journals/ploscb/ploscb14.html#AbdollahiAABCCC18

Arnaud Ferré Louise Deléger Pierre Zweigenbaum Claire Nédellec Combining rule-based and embedding-based approaches to normalize textual entities with an ontology. 2018 LREC conf/lrec/2018 db/conf/lrec/lrec2018.html#FerreDZN18 http://www.lrec-conf.org/proceedings/lrec2018/summaries/446.html

Vincent Henry Anne Goelzer Arnaud Ferré Stephan Fischer 0002 Marc Dinh Valentin Loux Christine Froidevaux Vincent Fromion The bacterial interlocked process ONtology (BiPON): a systemic multi-scale unified representation of biological processes in prokaryotes. 53:1-53:16 2017 8 J. Biomed. Semant. 1 https://doi.org/10.1186/s13326-017-0165-6 https://www.wikidata.org/entity/Q47106498 db/journals/biomedsem/biomedsem8.html#HenryGFFDLFF17

Arnaud Ferré Pierre Zweigenbaum Claire Nédellec Representation of complex terms in a vector space structured by an ontology for a normalization task. 99-106 2017 BioNLP https://doi.org/10.18653/v1/W17-2312 conf/bionlp/2017 db/conf/bionlp/bionlp2017.html#FerreZN17 Arnaud Ferré Représentation de termes complexes dans un espace vectoriel relié à une ontologie pour une tâche de catégorisation. 2017 RJCIA https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01561973/document conf/rjcia/2017 db/conf/rjcia/rjcia2017.html#Ferre17 Arnaud Ferré Normalisation de termes complexes par sémantique distributionnelle guidée par une ontologie (Normalization of complex terms with distributional semantics guided by an ontology). 108-120 2017 TALN (RECITAL) https://aclanthology.org/2017.jeptalnrecital-recital.9/ conf/taln/2017-r db/conf/taln/taln2017-r.html#Ferre17

Marguerite Benony Marianne Cardon Arnaud Ferré Jean Coquet Nathan Foulquier Florian Thonier Lucas Le Lann Henry De Belly Alexandre Evans Aakriti Jain Juan Manuel García Arcos Jason Bland Ian Marcus Ariel B. Lindner Edwin H. Wintermute The smell of us - crowdsourcing human body odor evaluation. 161-179 2016 3 Hum. Comput. 1 https://doi.org/10.15346/hc.v3i1.9 db/journals/hc/hc3.html#BenonyCFCFTLBEJ16

Louise Deléger Robert Bossy Estelle Chaix Mouhamadou Ba Arnaud Ferré Philippe Bessières Claire Nedellec Overview of the Bacteria Biotope Task at BioNLP Shared Task 2016. 12-22 2016 BioNLP (Shared Task) https://doi.org/10.18653/v1/W16-3002 https://orkg.org/orkg/resource/R163595 conf/bionlp/2016-s db/conf/bionlp/bionlp2016-s.html#DelegerBCBFBN16 Vincent Henry Arnaud Ferré Christine Froidevaux Anne Goelzer Vincent Fromion Sarah Cohen Boulakia Sandra Dérozier Marc Dinh Ghislain Fiévet Stephan Fischer 0002 Jean-François Gibrat Valentin Loux Sabine Pérès Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie. 97-102 2016 IC http://hal.archives-ouvertes.fr/IC_2016/hal-01442727 conf/f-ic/2016 db/conf/f-ic/ic2016.html#HenryFFGFBDDFFG16 Samer Abboud Nika Abdollahi Alexandre Albani Éric Anthony Juan Manuel García Arcos Mouhamadou Ba Agnes Baud Henry De Belly Marguerite Benony Juliana S. Bernardes Philippe Bessières Jason Bland Mariya Borovikova Robert Bossy Sarah Cohen Boulakia Guillaume Bouvier Alessandra Carbone Marianne Cardon Mélissa Cardon Estelle Chaix Robert Clerc Romain Conte Jean Coquet Stéphane Le Crom Dariusz Czernecki Laurent David Marc Delarue Agathe Delaune Louise Deléger Chloé Dequeker Sandra Dérozier Marc Dinh Samia Djerroud Alexandre Evans Ghislain Fiévet Stephan Fischer 0002 Nathan Foulquier Pauline Fourgoux Christine Froidevaux Vincent Fromion Patrick Fuchs Jean-François Gibrat Anne Goelzer Raphaël Guérois Nadège Guiglielmoni Vincent Henry Aakriti Jain Elodie Laine Philippe Langlais Lucas Le Lann Jeanne Laurentie Thomas Lavergne Nathalie Lehmann Gaëlle Lelandais Olivier Lespinet Ariel B. Lindner Camille Lochard Anne Lopes Valentin Loux Ian Marcus Rémi Montagne Vasiliki Myrodia Claire NedellecClaire Nédellec Vaitea Opuu Elise Parey Sabine Pérès Lélia Polit Yann Ponty Pierre Poulain Sylvain Privé Chloé Quignot Hugues Richard Mathieu Roche Maria Ruiz-Cuevas Sophie Sacquin-Mora Hugo Schweke Mariam Sissoko Nicolas Sompairac Florian Thonier Audrey Vallerix Violaine Verrecchia Martin Weigt Edwin H. Wintermute Pierre Zweigenbaum