Το ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ. ιδρύθηκε το 2016 ως ένας ανεξάρτητος φορέας χρηματοδότησης με σκοπό να υποστηρίξει και να ενισχύσει την ελεύθερη έρευνα στην Ελλάδα χωρίς θεματικούς ή γεωγραφικούς περιορισμούς, μέσα από τη χρηματοδότηση έργων και υποτροφιών που διακρίνονται για την υψηλή επιστημονική ποιότητα και την αριστεία τους.
Μέσω του ΕΛ.ΙΔ.Ε.Κ. για πρώτη φορά επιχειρείται μια βαθιά μεταρρυθμιστική τομή στο πεδίο της Έρευνας και της Καινοτομίας: η ίδια επιστημονική και ακαδημαϊκή κοινότητα της χώρας συμμετέχει ενεργά στη χάραξη της ερευνητικής πολιτικής της χώρας, αξιολογεί και αξιολογείται, θέτει τα θεμέλια για τη διασύνδεση της έρευνας με την καινοτομία, δηλώνει παρούσα στο διεθνές και ευρωπαϊκό ερευνητικό γίγνεσθαι, συμβάλλοντας με αυτόν τον τρόπο δυναμικά στη διαμόρφωση της κοινωνίας και της οικονομίας της γνώσης.